La leguminosa Andina Lupinus mutabilis (Tarwi), un alimento nativo con alto contenido de proteínas y aceites. Sin embargo, la leguminosa requiere un tratamiento previo para su consumo, siendo necesario eliminar las sustancias antinutricionales como los alcaloides Quinolizidínicos (lupanina, esparteína, 13-hidroxilupanina), hace que su consumo y producción sea reducida, ya que la extracción genera mucho tiempo y costo. El objetivo de esta investigación es evaluar la cinética de extracción de alcaloides de dos ecotipos de Tarwi congelado utilizando métodos de extracción asistida con microondas (EAM) y ultrasonido (EAU) durante el desamargado, para luego determinar la difusividad efectiva, análisis cualitativo y cuantitativo del alcaloide para poder evaluar las diferencias respecto a la metodología convencional. Los ecotipos de Tarwi (Yunguyo y Seccelambra), previamente hidratadas durante 24 h y congeladas a -18°C son introducidas al microondas (270 W, 450 W y 630 W) y ultrasonido (40kHz: 100W, 40kHz: 27W y 28kHz: 100W) con una relación de agua y leguminosa de (5:1) con tres repeticiones, para ser secados posteriormente. El análisis del alcaloide extraído se determinó por cromatografía líquida de ultra alta presión (UHPLC) y se determinó la difusividad efectiva para su modelamiento y cinética de extracción con la segunda ley de Fick, para posteriormente ser sometido a una evaluación sensorial de prueba de textura para determinar las diferencias entre tratamientos. Los resultados mostraron que una EAM a 630 W generó una difusividad de lupanina máxima de 8.12x10-9 m2/s y de EAU a 40 kHz: 20W logró una difusividad máxima de 2.09x10-9 m2/s, siendo mayores significativamente que la extracción convencional de alcaloides Quinolizidínicos logrando una difusividad de 0.00693x10-9 m2/s, y resultando diferentes texturalmente. Concluyendo que el Tarwi congelado acoplado a una EAM y EAU presentan efectos significativos sobre la cinética de extracción de alcaloides Quinolizidínicos.