La investigación se realizó en la urbanización San Isidro de Ccaccachi, de la ciudad de Juliaca. El objetivo fue determinar la influencia de las letrinas en la calidad microbiológica del agua subterránea. Se planteo una metodología con enfoque cuantitativo de diseño causal o explicativo. Las muestras se realizaron en 15 pozos de agua, ubicados en zonas representativas del área de estudio, los análisis microbiológicos fueron realizados en los laboratorios de la EPS. Sedajuliaca S.A. e Hidralt S.R.L. En el aspecto microbiológico se realizó la cuantificación de carga microbiológica de coliformes totales, fecales y Escherichia coli (UFC/100mL) por el método de filtración por membrana; de acuerdo a los resultados, el valor (r= 0.783) indica una correlación positiva media, este resultado confirma que las variables predicen que el 61.3% revelan la existencia de influencia significativa de las letrinas en la calidad microbiológica del agua subterránea; éstos pozos de agua se encuentran entre 8.20 m - 14 m de distancia de las letrinas más cercanas, esto demuestra que la presencia de una letrina representa una amenaza de mayor contaminación microbiológica en el agua, el nivel piezométrico fluctúa entre 3818.25 m.s.n.m. y 3832.5 m.s.n.m. con un flujo de drenaje que se expande a la zona noroeste, por otro lado, la tasa de infiltración es de 2.6 x 10-3 cm/s, y según la clasificación del suelo; representan mezclas de arena, limo y arcilla. Finalmente se concluye que las aguas subterráneas en el área de estudio no son aptas para el consumo humano, se recomienda establecer seguimientos y monitoreos de los recursos hídricos a nivel de aguas subterráneas.