Las papas nativas son cultivos que se producen sobre los 3000 metros sobre el nivel del mar (m.s.n.m.), adaptándose a condiciones climáticas adversas, a nivel nacional se tiene más de 3500 variedades y en el departamento de Puno, más de 600 variedades de papas nativas, estas son de diferentes colores, tamaños y formas, que son desaprovechadas como fuente de almidones, fibra, proteínas y colorantes en la industria de alimentos. El presente trabajo tuvo como objetivo evaluar las propiedades térmicas en almidones de seis variedades de papas nativas (Ruckii, Locka, Ocucuri Morado, Ccompis, Yana Imilla, Yana Lomo) procedente del departamento de Puno. En el estudio se determinó el rendimiento, composición proximal, contenido de amilosa y amilopectina, caracterización morfológica, índice de blancura y las propiedades térmicas mediante los análisis por técnica de calorimetría diferencial de barrido (DSC) y análisis de viscosidad rápida (AVR). Los almidones de las variedades de papas nativas presentaron rendimientos de 10.23 a 17.60 por ciento, y con respecto a la composición proximal mostró datos en: humedad de 7.22 a 8.85 por ciento, cenizas de 0.12 a 0.44 por ciento, grasas de 0.01 a 0.08 por ciento, proteína de 0.49 a 0.76 por ciento, fibra de 0.02 a 0.06 por ciento y contenido de carbohidratos de 90.14 a 91.93 por ciento. El contenido de amilosa osciló entre 23.9 a 30.5 por ciento y de amilopectina de 69.5 a 76.1 por ciento. Con respecto a la caracterización morfológica exhibió formas circulares a elípticos y el tamaño de estos presentó rangos de 38.58 a 63.91 µm para tamaños mayores y 11.88 a 17.99 µm en tamaños menores. El índice de blancura varió de un rango de 90.10 a 91.18. En el análisis de calorimetría diferencial de barrido demostró que la temperatura inicial osciló de 55.00 a 59.07°C, la temperatura pico de 58.20 a 62.51°C, temperatura final de 65.81 a 69.50°C, mientras la entalpía de gelatinización presentó valores de 13.03 a 16.53 Jg-1. En lo concerniente al análisis de viscosidad rápida se obtuvó una temperatura de empaste que varía de 59.50 a 62.12 °C, viscosidad final de 97.67 a 139.00 RVU, la viscosidad pico de 125.00 a 178.67 RVU y el desglose del gel alcanzó valores de 59.67 a 82. 67 RVU. Se utilizó el diseño completamente al azar (DCA), y para el tratamiento de datos se aplicó el análisis de varianza (ANOVA) y el LSD de Fisher para las pruebas de rangos, encontrando que los almidones de las seis variedades de papas nativas difieren significativamente entre sí.