La problemática por contaminación de cuerpos de agua es una preocupación a nivel mundial. La cuenca del río Ramis en la región Puno, no es ajena a este problema, ya que la contaminación se encuentra magnificado por la actividad minera formal o informal que se desarrolla en las partes altas de la cuenca, el recurso hídrico de esta cuenca es de suma importancia para los habitantes quienes utilizan para consumo y para las actividades agropecuarias. El objetivo es cuantificar la concentración de arsénico y cadmio en sedimento de la represa Cotarsaya y plantear alternativas que permitan lograr el manejo adecuado para la conservación y protección de los ecosistemas acuáticos. El muestreo se realizó en cuatro estaciones, las que fueron recolectadas en época de lluvias y de estiaje. Los resultados obtenidos fueron comparados con las normas de ambientales internacionales; la concentración de metales la concentración de arsénico en todas las estaciones supera los límites máximos establecidos por la norma canadiense, en cuanto la concentración de Cadmio en las muestras no supera los límites de detección. De los resultados obtenidos y de otros estudios realizados se concluye que la acumulación de metales en sedimentos se viene incrementando, la no atención inmediata generara la degradación irremediable de estos ecosistemas, para evitar ello debe realizarse el control y supervisión conforme a las normas legales establecidas sobre vertimientos. Palabras claves: Calidad del agua, Contaminación, Metales pesados.