En consumo de granos andinos, en los últimos años, ha aumentado por sus altos valores nutricionales y funcionales de origen vegetal, dentro de ellos destaca la cañihua (Chenopodium pallidicaule Aellen); además, se encuentra en la lista de alimentos gluten free. El objetivo de la investigación fue determinar parámetros óptimos de proceso de perlado en seco y perlado a vapor y evaluar los efectos sobres las características nutricionales y funcionales de la cañihua en variedad Ramis. Para determinar el parámetro óptimo en función al rendimiento (reducción de perigonio) y características microbiológicas, se utilizó el método de superficie de respuesta del diseño central compuesto (DCC), con dos factores, siendo 11 tratamientos para cada método, estos fueron sometidos a la determinación del rendimiento y análisis microbiológico. El parámetro óptimo de perlado en seco fue el tratamiento 5 (3 min y 58°C) que obtuvo 81% de rendimiento de cañihua perlada, 19% de reducción de perigonio, 58x102 (ufc/g) mohos, 20x102 (ufc/g) levaduras y el parámetro óptimo de perlado a vapor fue el tratamiento 9 (2 min y 60°C), que presenta 82.20% rendimiento de cañihua perlada, 17.8% de reducción de perigonio, 32x102 (ufc/g) mohos, 20x102 (ufc/g) levaduras y ausencia de coliformes en ambos métodos. Además, estos tratamientos óptimos fueron sometidos a análisis nutricionales y funcionales para evaluar el efecto, a través del diseño completamente al azar (DCA) y Tukey, donde el tratamiento de perlado en seco presenta mejores contenidos nutricionales, tales como, 14.45 (g/100g) de proteína determinado, según la NTP 205.005:2018 y 67.70 (g/100g) de carbohidratos determinado por diferencia MS-INN Collazos 1993. Así mismo, las características funcionales se determinaron por espectrofotómetro UV-vis, los cuales se mantienen siendo el compuesto fenólico 1.15 (EQ-Ac. gálico mg/1g) analizado por el método Folin ciocalteu, flavonoides 3.26 (Eq- quercetina mg/1g) determinado por el método Tricloruro de aluminio y con aumento en la capacidad antioxidante 1.31 (trolox Cl50 mg/1g) por el método DPPH. Por otro lado, el efecto del método de perlado a vapor presenta disminución en sus componentes nutricionales y funcionales de manera significativa. En conclusión, el mejor método de perlado de cañihua es el proceso de perlado en seco que presenta buena calidad morfológica, microbiológica, nutricional y funcional.