El germinado de granos andinos es una alternativa que mejora sus propiedades funcionales, pero se desconoce el comportamiento de estos nutrientes en determinadas fases del proceso de germinado y secado. El objetivo del estudio fue evaluar el efecto del tiempo (24, 48 y 72 horas) y temperatura del germinado (16 y 17°C) y el proceso de secado (50 y 60°C) de dos variedades de cañihua (Cupi y Ramis) en la capacidad antioxidante, contenido de proteína y hierro. Para determinar la capacidad antioxidante se utilizó el método DPPH en granos, donde la variedad Ramis (v. Ramis) presentó 2.863 Trolox CI50 g/100 g, valor superior a la variedad Cupi (v. Cupi) con 2.725 Trolox CI50 g/100 g, en ambos casos a un tiempo de 48 horas y temperatura de 16°C. El contenido proteico presentó 11.32 g/100g para la variedad Cupi y 10.99 g/100g en la variedad Ramis. La concentración media hierro es de 17.76 mg/100g (variedad Cupi) y 17.87 mg/100g (variedad Ramis), todas las muestras presentan diferencia significativa (< 0.0001). La longitud de radícula fue de 15.52 mm (v. Cupi) y 23.79 mm (v. Ramis) en ambos casos a 21°C de temperatura y 72 horas de germinado; en ambos casos existe diferencia estadística. Finalmente, en el proceso de secado a temperatura de 50 y 60°C, presentó valores mayores la v. Ramis con 1.861 Trolox CI50 g/100 g (50°C) respecto a la v. Cupi con 1.624 Trolox CI50 g/100g (60°C), en cambio el contenido proteico después del secado presentó en la v. Cupi 19.09 g/100g a 50° valor superior respecto a la v. Ramis con 18.19 g/100g a 60°C. En cuanto a la concentración de hierro la v. Cupi presentó 16.08 mg/100g contenido superior a la v. Ramis con 15.58 mg/100g, en ambos casos a 60°C de temperatura de secado. Se concluye que la variedad Cupi y Ramis no presentan diferencia estadística en cuanto a la capacidad antioxidante, contenido proteico y hierro durante el germinado y secado de las semillas.