El objetivo del estudio fue determinar el efecto del uso de microalgas en el tratamiento de aguas residuales para la reducción de NO3 y PO4, con un fotobiorreactor a escala laboratorio. Las muestras en estudio fueron extraídas de las aguas del río Torococha y de la laguna de oxidación de la ciudad de Juliaca. Se aisló e inoculó Chlorella Sp., cultivándosele en seis reactores, iluminados durante 18 hora/día, con seis lámparas leds en cada fotobiorreactor. El experimento, para la evaluación de muestras in situ de OD con el método winckler, duro un periodo de 12 días. Se usó PCD650 en caso del pH y temperatura; posteriormente a la marcha experimental se determinó NO3 y PO4, que fueron analizados por métodos HACH 8048 y HACH 8039 respectivamente, la DQO se hizo por el método APHA-AWWA-WEF 5220 y 2510-B para la conductividad. De los resultados obtenidos se estimó que muchos de los parámetros evaluados in situ mejoran su calidad; a partir de los cinco días, los nitratos y fosfatos empiezan a disminuir notablemente, ya que a los 12 días la población de microalgas empieza a disminuir por falta de nutrientes. La eficiencia de las microalgas en la remoción de nitratos fue de 93% en promedio en los seis fotobiorreactores; pero en el caso de los fosfatos esto no ocurre así, en el FBRT1 se logra reducir en un 85%, en los demás fotobiorreactores la remoción fue menor a 30%. Por lo tanto, la disminución de NO3 y PO4 en los fotobiorreactores a escala laboratorio resultaron ser eficientes con respecto a los nitratos, en comparación con los fosfatos.