En la actualidad la contaminación por aguas residuales del sector lácteo son una preocupación, pues las descargas de estas aguas no son tratadas debido a factores como la falta de investigación en métodos de tratamiento rentables y sostenibles, afectando así la calidad del medio ambiente. Este estudio investigó y comparó experimentalmente la eficiencia de remoción de contaminantes mediante el uso de dos especies de macrófitas en el tratamiento de las aguas residuales lácteas por humedales. La selección de macrófitas fue el primer paso, estas fueron la Cortaderia jubata y Schoenoplectus totora, seguida del análisis de caracterización de los parámetros fisicoquímicos de las aguas residuales lácteas. Los resultados evidenciaron altas concentraciones de contaminantes, estando fuera de los límites máximos de descarga a acuífero y límites máximos permisibles nacional e internacional. Se tuvieron tres tratamientos dos con plantas macrófitas y un testigo sin macrófita, todos por triplicado. Los resultados obtenidos con las dos especies de macrófitas Cortaderia jubata y Schoenoplectus totora fueron significativos para todos los parámetros excepto para aceites y grasas. De la comparación realizada entre las dos especies de macrófita se determinó que la macrófita Schoenoplectus totora tiene mayor eficiencia de remoción de contaminantes llegando a disminuir hasta 474.67 mgO2/L de DQO, 375.17 mgO2/L de DBO, 9916.67 mg/L de nitrógeno total, 34666.67 mg/L de sólidos totales y una reducción de la conductividad eléctrica de 753.33 uS/cm, sin embargo la remoción más bajo fue de fósforo total y en aceites y grasas la remoción no fue significativa. De los resultados se afirma que si existe intervención de las plantas macrófitas en el tratamiento de aguas residuales lácteas.