Los lodos activados constituyen uno de los procesos más importantes biotecnológicos para el tratamiento de aguas residuales, en este proceso de crecimiento suspendido hay una mezcla compleja de microorganismos, que tienen la capacidad para degradar la materia orgánica, eliminar nutrientes y transformar compuestos tóxicos en productos inofensivos; la comprensión de diversidad de las comunidades microbianas óptimas para el tratamiento y los organismos filamentosos en lodos activados, son fundamentales para abordar cuestiones de la proliferación de estas bacterias, tasa de crecimiento y las limitantes para su desarrollo, factores de aparición y supervivencia incluida la identificación taxonómica de estas bacterias. Estos avances permiten tener claro cómo deben ser los diseños futuros de plantas que involucren el tratamiento con lodos activados; no obstante, sigue siendo un desafío definir parámetros ambientales en zonas de por encima de los 3500 m.s.n.m, la rotación de la comunidad bacteriana, y encontrar vínculos estrechos entre la estructura microbiana de lodos activados y funciones de la planta de tratamiento de aguas residuales. Para resolver esos problemas, esperamos que la investigación futura se enfoque en la caracterización de bacterias filamentosas, utilizando modelos matemáticos para entender la comunidad microbiana de lodos, estructura y utilizar esta información sobre microorganismos filamentosos de lodos activados, para predecir el desempeño de las PTAR que serán vitales para avanzar en el conocimiento de la ecología microbiana de bacterias filamentosas de lodos activados. Palabras claves: Aguas residuales, bacterias filamentosas, lodos activados, microorganismos.